Schon im 9. Jahrhundert besaß die Benediktinerabtei Pfäfers in Quarten eine Kapelle, zur deren Ausstattung eine Hufe Land sowie reiche Fischgründe im Walensee gehörten. Für die Mönche, die sich im Mittelalter weitgehend fleischlos ernährten, waren Fische eine wesentliche Lebensgrundlage. Deshalb nahm Quarten unter den Pfäferser Besitzungen stets eine wichtige Stellung ein.
Die Patrone der Quartener Kapelle werden erst um 1400 erstmals schriftlich erwähnt: die Jungfrau Maria sowie die Bekenner Gallus und Otmar. Einige Forscher gehen davon aus, dass im Frühmittelalter nur Gallus und Otmar Patrone gewesen seien. Weil sich Pfäfers jedoch seit dem 10. Jahrhundert gegen die Expansionspolitik des Klosters St.Gallen wehren musste, habe man den beiden St.Galler Heiligen die Gottesmutter – die Patronin des Klosters Pfäfers – vorangestellt. Das Marienpatrozinium sollte gewissermaßen als Hoheitszeichen die Zugehörigkeit Quartens zum Kloster Pfäfers sinnfällig machen. Das ist durchaus denkbar und hat vielleicht auch in Pfäfers selber eine Parallele, wo Sankt Gallus sogar ganz aus einem Kapellpatronat verdrängt wurde.
Nach der Reformation, als sich das Pfäferser Ressentiment gegenüber St.Gallen gelegt hatte, erscheint dann wieder Sankt Gallus als Hauptpatron der Quartener Kirche. Neben ihm stand nun der heilige Martin. Die Reformation hatte eine Neuweihe der Kirche nötig gemacht, denn 1529 waren sämtliche Altäre, Kreuze, Bilder und Statuen zerschlagen und verbrannt worden. Nur die Reliquien blieben erhalten, weil sie rechtzeitig ins benachbarte Oberterzen geflüchtet werden konnten, wo die Bevölkerung stets beim alten Glauben blieb.
Die reformatorischen Ideen hatten die zwei für Quarten zuständigen Kapläne unter das Volk gebracht. Beide nahmen sich eine Frau. Einer von ihnen, Johannes Brötli, nannte sich »Wächter der Seelen und Bischof von Quarten«. Sein Vorgesetzter, der Pfarrer von Walenstadt, teilte Brötlis Auslegung der Bibel und ließ verlauten: »Es stehe dem Priester frei zu wiben oder nit zu wiben«.
Die Quartener Reformation scheiterte. Nach der Niederlage der reformierten eidgenössischen Stände im Zweiten Kappelerkrieg, in dem auch der Reformator Ulrich Zwingli sein Leben verlor, kehrte die Bevölkerung wieder zum alten Glauben zurück. Mit der am 28. Juni 1533 erfolgten Neuweihe von Kirche und Friedhof durch den Churer Weihbischof Stephanus Tschuggli war auch die definitive Loslösung Quartens von der Mutterpfarrei Walenstadt verbunden.
Die Pfarrstelle von Quarten wurde lange Zeit von Mönchen des Klosters Pfäfers versehen, dem die Pfarrei ab 1707 inkorporiert war. Auch noch nach der Säkularisierung des Klosters im Jahr 1838 stellten ehemalige Pfäferser Patres die Seelsorge sicher: zunächst Pirmin Kohler, den 1845 eine fortschreitende Krankheit zur Resignation zwang, und nach ihm Placidus Huber, unter dem in Quarten eine von Grund auf neue Pfarrkirche entstand.
Seit Hubers Amtsantritt stritten sich die zur Pfarrei gehörigen Ortsgemeinden Quarten, Oberterzen und teilweise auch Quinten über die Verteilung der Baukosten für das geplante Gotteshaus, weshalb die Arbeiten erst 1860 in Angriff genommen werden konnten. Am 18. Juni 1862 konsekrierte Bischof Carl Johann Greith die neue, stattliche Pfarrkirche Sankt Gallus. Kurz darauf reichte Pater Placidus Huber seine Resignation ein. Sein Engagement für den Quartener Kirchenbau, der erheblich teurer zu stehen kam als geplant, hatte ihn in ein Burn-out getrieben. Huber starb drei Jahre später, im 60. Altersjahr, als Frühmesser von Ragaz.
In den Jahren 1937/38 erfuhr die Quartener Sankt Gallus-Kirche eine grundlegende Innenrenovierung. Der Bau eines neuen Seitenschiffs verbesserte die Platzverhältnisse, und die Kirche erhielt neue, farbige Glasfenster. In der Nacht zum 6. Februar 1960 brannte die Sakristei vollständig aus. Unter den beschädigten liturgischen Geräten und Paramenten befanden sich auch solche, die aus dem Kloster Pfäfers nach Quarten gekommen waren, beispielsweise ein Messgewand, das Pater Placidus Huber der Pfarrgemeinde geschenkt hatte. In den 1970er Jahren erfolgte eine umfassende Außenrenovierung, 1992/93 eine erneute Innensanierung.
Im Jahr 1948 kamen einige Schönstätter Marienschwestern nach Quarten und errichteten hier ein Schönstatt-Heiligtum. 1956 erwarben und renovierten sie das alte, um 1890 erbaute Kurhaus von Quarten und führen dieses bis heute als Bildungs- und Ferienzentrum. Es befindet sich in unmittelbarer Nachbarschaft zur Sankt Gallus-Kirche.