Eine Urkunde aus dem Jahr 1372 erwähnt in Gutenstein erstmals eine Kirche. Ihr Galluspatrozinium könnte sie vom Kloster St.Gallen erhalten haben. (2013)
Die 1541 errichtete spätgotische Chorturmkirche erfuhr um 1700 eine barocke Umgestaltung. Die mit einem Kreuzgewölbe eingedeckte Turmhalle wurde dabei mit kräftigen Stuckaturen verziert. (2016)
1812 wurde das Langhaus der Gutensteiner Sankt Gallus-Kirche verlängert. Kreuzwegtafeln und eine barocke Kreuzigungsgruppe schmücken die Seitenwände des Schiffs. (2016)
Statuen der Heiligen Gallus, Maria und Urban zieren den Hochaltar. Im Mittelalter wurde neben Sankt Gallus auch der heilige Urban als Patron der Gutensteiner Kirche verehrt. In den Schematismen des Bistums Konstanz aus dem 18. Jahrhundert wird Gutenstein als Marien- und Galluskirche aufgeführt. (2013)
Der Kirchenpatron Gallus ist in Gutenstein mit Abtstab, Buch und Bär dargestellt. (2013)
Ein Blitzeinschlag im September 2005 machte eine umfassende Renovierung der Sankt Gallus-Kirche von Gutenstein nötig. (2016)
In Gutenstein im Oberen Donautal reichen die archäologischen Zeugnisse viel weiter zurück als die schriftlichen. Während der Ort erst im 13. Jahrhundert (1212) erstmals schriftlich fassbar wird, kamen im 19. Jahrhundert bei Bauarbeiten alemannische Reihengräber aus dem 7. Jahrhundert zum Vorschein. Unter den Grabbeigaben befand sich eine Schwertscheide mit pressverzierten Silberblechen, die als »Schwertscheide von Gutenstein« berühmt geworden ist.
Obwohl keine entsprechenden Urkunden überliefert sind, dürfen wir dennoch davon ausgehen, dass in Gutenstein bereits im Frühmittelalter die Abtei St.Gallen Besitzungen und Rechte innehatte. Wahrscheinlich geht das Galluspatrozinium der Gutensteiner Kirche auf das Kloster zurück. Erstmals schriftlich in Erscheinung tritt das Gotteshaus in einer im Stiftsarchiv St.Gallen aufbewahrten Urkunde vom 13. März 1372. In einer Urkunde vom 27. Juni 1461 erfahren wir, dass der Abt von St.Gallen die Pfarrpfründe zu verleihen hatte, dass aber der jeweilige Herr (damals die Gräfin Anna von Zimmern) und die Bevölkerung von Gutenstein selbständig einen Pfarrer nominieren durften. In der 1461er-Urkunde teilen die Gutensteiner dem St.Galler Abt Kaspar von Breitenlandenberg mit, dass sie einstimmig den Priester Hans Harthuser von Mengen als Kirchherrn erwählt hätten.
Die heutige Sankt Gallus-Kirche von Gutenstein entstand 1541. Das im spätgotischen Stil errichtete Gotteshaus wurde unter Pfarrer Franz Joseph Deber in der Zeit um 1700 barockisiert. In den folgenden Jahrhunderten folgten weitere Umbauten und Veränderungen; eine Verlängerung des Langhauses sorgte ab dem Jahr 1812 für eine Verbesserung der Platzverhältnisse. Nur wenige Jahre später, 1817, wurde das Dorf Vilsingen von der Pfarrei Gutenstein abgetrennt. Im Jahr 1957 wurden die beiden Orte kirchlich wieder zusammengelegt, nun wurde Gutenstein Filiale von Vilsingen. Seit 2015 gehört Gutenstein zur Seelsorgeeinheit Laiz-Leibertingen.
Am 2. September 2005 beschädigte ein Blitzeinschlag den Glockenturm der Gutensteiner Sankt Gallus-Kirche schwer. Er hinterließ einen 1,5 Meter langen und 25 Zentimeter breiten Riss im Mauerwerk und machte eine gründliche Sanierung unumgänglich. Im Mai 2009 weihte der Freiburger Weihbischof Bernd Uhl den Altar der frisch renovierten Sankt Gallus-Kirche von Gutenstein.