Die Bewohner von Oberuzwil waren im Mittelalter nach Jonschwil kirchgenössig. Als die Reformation mit gewaltiger Kraft das Toggenburg erfasste, wechselte auch der Jonschwiler Pfarrer Achilles Thalmann ins Lager der Neugläubigen. Ab 1527 fand in Jonschwil kein katholischer Gottesdienst mehr statt, bis er im Jahr 1541 auf Geheiß der Obrigkeit (der Fürstabtei St.Gallen) wieder eingeführt wurde.
In den Jahren, als die Jonschwiler Kirche den Katholiken verschlossen war, soll in Oberuzwil das erste Gebetshaus errichtet worden sein. Dort wurde an Sonn- und Fyrtägen und an Samstägen der Rosenkranz namentlich gebätet und täglich dreimal der Englisch Grueß gelütet. Für den Unterhalt der Kapelle war das Dominikanerinnenkloster Sankt Katharina in Wil besorgt, dem auch der Bauplatz gehörte. Doch nach dem Toggenburgerkrieg von 1712 verkaufte das finanziell schwer geschädigte Frauenkloster Grundstück und Kapelle, die in der Folge abgerissen wurde.
Der Abbruch ihres Gebetshauses mag den Katholiken von Oberuzwil wehgetan haben; doch es stand ihnen die Kirche von Jonschwil ja schon lange wieder offen. Diese mussten sie zwar mit den Reformierten teilen, doch hatte das Kloster St.Gallen dafür gesorgt, dass die Katholiken zahlreiche Vorteile bei der Kirchennutzung genossen. So war denn auch die Zahl der Katholiken in Jonschwil wieder stark angewachsen, während sich die Reformierten lieber in Oberuzwil niederließen.
Nach 1750 gab es außer dem reformierten Pfarrer praktisch keine Reformierten mehr in Jonschwil. Kein Wunder, dass sich Pfarrer Hans Konrad Blum in den 1750er-Jahren energisch für den Bau einer reformierten Kirche in Oberuzwil einsetzte und sogar versprach, einen namhaften Beitrag an den Neubau beizusteuern. Die evangelische Gemeinde konnte sich allerdings erst 1765 für den Bau einer eigenen Kirche in Oberuzwil entscheiden. Pfarrer Blum hatte inzwischen abgedankt, sein Angebot, 3000 Gulden an die Errichtung der Kirche beizusteuern, jedoch aufrechterhalten. 1766 konnte die reformierte Kirche Oberuzwil ihrer Bestimmung übergeben werden. Der ›Auszug‹ der Reformierten aus Jonschwil war unmissverständlich: 1767 bauten sie ihr Pfarrhaus in Jonschwil vollständig ab und in Oberuzwil wieder auf.
Da wollten die Oberuzwiler Katholiken natürlich nicht nachstehen. Sie bestürmten das Wiler Katharinenkloster, in Oberuzwil auch wieder ein katholisches Gotteshaus zu errichten. Erfolgreich. Im Herbst 1765 – also gerade noch kurz vor der reformierten Pfarrkirche – war die bis heute erhaltene Kapelle Sankt Katharina vollendet. Wenig später – 1768 – wurden auch die Oberuzwiler Katholiken von Jonschwil unabhängig. Zusammen mit ihren Glaubensgenossen von Bichwil bildeten sie die katholische Kirchgemeinde Bichwil-Oberuzwil, wobei die Bichwiler Sankt Mauritius-Kapelle zur Pfarrkirche erhoben, die Oberuzwiler Sankt Katharina-Kapelle fortan hingegen stark vernachlässigt wurde.
Im 19. Jahrhundert erlebte die Gegend von Uzwil eine industrielle Blüte und damit ein rasches Anwachsen der Bevölkerung. In der katholischen Pfarrkirche von Bichwil wurde es eng. So gründeten die Oberuzwiler 1908 einen Kirchenbauverein, mit der Vision, eine eigene Pfarrkirche zu errichten. Aus Kirchenopfern, Schenkungen, Steuern und Zinsen wurde ein Kirchenbau-Fonds geäufnet. Es entstand sogar ein 5-Rappen-Verein, dessen Mitglieder einen freiwilligen Beitrag von 5 Rappen pro Woche an den Fonds leisteten.
Am 15. April 1934 wurde an einer außerordentlichen Kirchbürgerversammlung der Bau einer katholischen Kirche in Oberuzwil beschlossen. Bereits am 16. Juli erfolgte der erste Spatenstich. Der Zürcher Architekt Fritz Metzger (1898–1973) war als Sieger aus dem Projektwettbewerb für den Kirchenbau hervorgegangen. Sein Projekt markiert ein eindrückliches Werk des ›Neuen Bauens‹ aus dem zweiten Viertel des 20. Jahrhunderts.
Am 8. September 1935 weihte der St.Galler Bischof Alois Scheiwiler die neue katholische Kirche Oberuzwil und stellte sie unter den Schutz des Landes- und Bistumspatrons Gallus. Gleichzeitig wurde Oberuzwil zur Pfarrei erhoben und erhielt mit August Wagner den ersten eigenen Pfarrer. 1978 wurde die Einrichtung des Chorraums an die liturgischen Neuerungen des Zweiten Vatikanischen Konzils angepasst, die beiden Seitenaltäre entfernt und ein Volksaltar errichtet. Weitere größere Eingriffe in die Architektur Metzgers sind nicht erfolgt, so dass sich die Oberuzwiler Katholiken heute über eine kunsthistorisch wertvolle Pfarrkirche Sankt Gallus freuen können.