Zuzwil wird in einer Urkunde vom 11. Mai 761 erstmals schriftlich erwähnt. Die Brüder Erinpert und Amalpert hatten den Ort an das Kloster St.Gallen übertragen, unter der Bedingung, die Güter gegen einen jährlichen Zins weiterhin für sich nutzen zu dürfen.
Bei der Urkunde vom 11. Mai 761 handelt es sich nicht um die Schenkungsurkunde Erinperts und Amalperts (diese ist verloren gegangen), sondern um die Rückverleihungsurkunde durch das Kloster St.Gallen. Zuzwil wird darin als ›Dorf des heiligen Gallus‹ bezeichnet (villam sancti Galluni noncupante Zozinuilare), womit das Kloster die neuen Eigentumsverhältnisse klarstellte. Zuzwil und seine Umgebung erhielten für das Kloster St.Gallen in der Folge eine wichtige Bedeutung. Noch vor dem Jahr 1000 entstand das äbtische Gericht Zuzwil, und bis zur Aufhebung der Abtei gehörte der Ort zum St.Galler Klosterstaat (Alte Landschaft/Fürstenland).
Aus der Bezeichnung ›Dorf des heiligen Gallus‹ haben einige Forscher schließen wollen, in Zuzwil habe schon im Jahr 761 eine Galluskirche gestanden. Solches geht aus der Urkunde freilich nicht wirklich hervor. Während des gesamten Mittelalters lässt sich in Zuzwil kein Gotteshaus eindeutig nachweisen. Um 1530, als sich die Bevölkerung kurzzeitig der Reformation zuwandte, gehörte Zuzwil zur Pfarrei Wil. Das sollte sich erst im 17. Jahrhundert ändern. 1661 erhielt Zuzwil eine eigene Kirche und wurde 1677 zur selbständigen Pfarrei erhoben.
Die Baugeschichte der Zuzwiler Kirche lässt sich in den Tagebüchern des St.Galler Fürstabts Gallus Alt nachverfolgen, die heute im Stiftsarchiv St.Gallen aufbewahrt werden (Bd. 264/268). Am 4. Dezember 1659 vermerkt Abt Gallus, er habe in Zuzwil ein Kreuz errichtet, um den Bauplatz der künftigen Kapelle zu bezeichnen. Am 1. April 1660 verzeichnet er sodann die Grundsteinlegung für die Kapelle, die den heiligen Josef als Patron erhalten werde. Genau ein Jahr später besuchte Abt Gallus die Baustelle der Zuzwiler Kirche, wobei er die Bevölkerung ermunterte, fleißig bei der Herbeischaffung von Sand und Steinen mitzuhelfen. Am 21. September 1661 konnte Fürstabt Gallus Alt die neu errichtete Sankt Josefs-Kapelle von Zuzwil weihen. Die bischöfliche Weihe erhielt das Gotteshaus am 24. September 1662.
Im Jahr 1677 wurde Zuzwil zur selbständigen Pfarrei erhoben, die Sankt Josef-Kapelle zur Pfarrkirche. Einen eigenen Friedhof hatte Zuzwil bereits 1675 erhalten. Als erster Pfarrer nahm 1677 Amandus Ledergerber Wohnsitz im Dorf.
1933 wurde eine Vergrößerung der Zuzwiler Pfarrkirche Sankt Josef nötig. Dabei entstand ein vollständig neues Kirchenschiff, Chor und Turmunterbau der alten Kirche blieben aber bestehen. Auch der barocke Hochaltar, die beiden Seitenaltäre und die Kanzel wurden übernommen. Eine umfassende Außen- und Innenrestaurierung der Sankt Josefs-Kirche von Zuzwil fand in den Jahren 1998 bis 1999 statt.