Zell liegt idyllisch auf einem Geländesporn in einer Flussschleife der Donau. Bei seiner ersten urkundlichen Erwähnung im Jahr 790 wird der Ort noch Rammesauwa genannt. Damals schenkten der einflussreiche Graf Berthold und seine Frau Gersinda ihre dortige Eigenkirche mit allem Zubehör dem Kloster St.Gallen. Dieses errichtete hier vermutlich schon bald einen mit Mönchen besetzten Außenposten – eine cella – zur Verwaltung der in der Umgebung liegenden Klostergüter. 805 und 826 wird der Ort in zwei St.Galler Urkunden – wohl in Anlehnung an den Namen des Schenkers – als Bertholdzell (Berahtoltescella/Pertodescella) bezeichnet, seit 961 sodann als Zell (Cella).
Es ist gut möglich, dass die St.Galler Mönche bei ihrer Niederlassung den Klosterheiligen Gallus als Kirchenpatron von Zell eingesetzt haben. Nachweisen lässt sich das Galluspatrozinium allerdings erst seit 1404/1514. Damals hatte das Kloster St.Gallen keinen direkten Einfluss mehr in der Region. Ende des 13. Jahrhunderts war die Kirche von Zell dem nahe gelegenen Kloster Zwiefalten inkorporiert und besaß den Status einer Pfarrkirche. 1352 kaufte das Kloster von der reichsministerialen Familie von Emerkingen auch die Vogteirechte über Zell und blieb in der Folge bis 1802 im Besitz der Ortschaft.
Im Jahr 1404 wurden die Altäre in der Zeller Kirche, möglicherweise nach einem spätgotischen Neubau, neu geweiht. Ansonsten wissen wir kaum etwas über die Vorgängerbauten der heutigen Galluskirche, die 1780 unter dem Zwiefaltener Abt Nikolaus Schmidler in nur sieben Monaten neu errichtet und am 16. Oktober 1781 – am Festtag des heiligen Gallus – vom Konstanzer Weihbischof Wilhelm Leopold von Baden geweiht wurde. Das Konzept für den klassizistischen Kirchenbau stammt vielleicht vom Kurtrierer Hofmaler Januarius Zinck (1730–1797), der das Gotteshaus auch mit Fresken ausmalte. Diese wurden zwar 1887 überstrichen, 1930 aber wieder freigelegt und 1969–1972 im Rahmen einer aufwändigen Restaurierung gesichert.