Anlässlich seines ersten Italienzugs im Jahr 1004 ging König Heinrich II. in der Bischofskirche von Trient eine Gebetsverbrüderung mit den Bischöfen von Oberitalien ein und schenkte dem Bischof von Trient die Grafschaft Trient. Kaiser Konrad II. bestätigte diese Schenkung im Jahr 1027 und übertrug dem Bischof darüber hinaus auch noch die Grafschaften Bozen und Vintschgau.
So war es denn auch ein Bischof von Trient, Konrad von Beseno, der im Jahr 1189 zwischen Bozen und seiner Bischofsstadt, an verkehrsgünstiger Lage am Ufer der schiffbaren Etsch (italienisch: Adige), einen neuen Marktort gründete: Burgum Novum Egne. Spätestens zu diesem Zeitpunkt dürfte das älteste Gotteshaus von ›Neumarkt‹ (italienisch: Egna) entstanden sein. Sein Patrozinium kennen wir dank einer Urkunde vom 14. Januar 1203, die in burgo Egne, in ecclesia sancti Galli (in Neumarkt, in der Sankt Gallus-Kirche) ausgestellt wurde. Als Urheber des Galluspatroziniums ist wohl der Bischof von Trient anzusehen.
Neumarkt brachte es als Handels- und Schifffahrtsort schon bald zu wirtschaftlichem Wohlstand. Seine Lage nahe am Fluss hatte aber auch Nachteile. Im Jahr 1222 wurde Neumarkt überschwemmt und dabei stark verwüstet. Am 16. Oktober 1341 suchte erneut eine schwere Katastrophe den Ort heim: Ein Feuer zerstörte einen großen Teil des Dorfs samt Kirche, von der wahrscheinlich nur der Turm verschont blieb. Erst in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts scheint die Kirche wiederhergestellt worden zu sein. Möglicherweise war ihr sofortiger Wiederaufbau deshalb nicht zwingend nötig, weil sich die Gemeinde auch in der etwas außerhalb der Siedlung gelegenen (und deshalb vom Feuer verschont gebliebenen) Kapelle des Neumarkter Heiliggeistspitals versammeln konnte.
Schon im 14. Jahrhundert gab es in Neumarkt also zwei Gotteshäuser, die Dorfkirche und die Spitalkapelle. Bei welcher der beiden es sich um die 1203 erwähnte Sankt Gallus-Kirche handelt, wurde in der Forschung unterschiedlich beantwortet. Die ältere Literatur wies der Spitalkapelle das Galluspatrozinium zu, wahrscheinlich deshalb, weil für die Dorfkirche mit dem heiligen Nikolaus schon ein anderer Patron belegt ist. Allerdings lässt sich Sankt Nikolaus erst seit 1400 als Patron der Pfarrkirche von Neumarkt nachweisen, weshalb die neuere Forschung von einem Patrozinienwechsel ausgeht.
Tatsächlich sprechen sowohl die baugeschichtlichen Befunde als auch die schriftlichen Quellen eindeutig dafür, dass die alte Sankt Gallus-Kirche von Neumarkt in der heutigen Pfarrkirche Sankt Nikolaus zu suchen ist. Diese steht teilweise auf romanischen Grundmauern, die noch in die Gründungszeit von Neumarkt zurückreichen könnten. In seiner Südtiroler Landesbeschreibung aus der Zeit um 1600 bezeichnete Marx Sittich von Wolkenstein die Kirche von Neumarkt als san Nichlaß und Gallens-Kirche, und noch 1746 wird sie in einem Rechnungsbuch als Gotes Haus des heiligen Nicolaus und Galli bezeichnet. Folgerichtig stellte der Künstler Marco Antonio Vincenzi auf dem Bild, das er für den 1750 neu errichteten Hochaltar malte, neben der Jungfrau Maria und Sankt Nikolaus auch den heiligen Gallus dar. So darf Sankt Gallus bis heute als Nebenpatron der Pfarrkirche von Neumarkt gelten, der zwar vom heiligen Nikolaus als Hauptpatron abgelöst, aber nie ganz aus seiner Ehre verdrängt wurde.
Die Kapelle des Heiliggeistspitals, für die wohl eher ein Heiliggeist- als ein Galluspatrozinium anzunehmen ist, darf hier trotzdem nicht unerwähnt bleiben. Die Kapelle existiert zwar nicht mehr als Gotteshaus, doch haben sich Teile von ihr in den Mauern und Fenstern eines stattlichen Bauernhofs in Neumarkt erhalten, dem ›Sankt Gallus-Hof‹. In diesem Namen spiegelt sich noch die ältere Forschungsmeinung wider, welche die 1203 erwähnte ecclesia sancti Galli in der Spitalkapelle suchte. Und er sorgt dafür, dass der heilige Gallus in Neumarkt nicht in Vergessenheit gerät.
Wie schon erwähnt, wird Sankt Nikolaus erst im Jahr 1400 als Kirchenpatron von Neumarkt fassbar. Er könnte Gallus allerdings schon im 13. Jahrhundert abgelöst haben. Vielleicht wurde er nach der verheerenden Überschwemmung von 1222 eingesetzt, gilt er doch als Schutzpatron bei Hochwasser. Nikolaus ist aber auch der Patron der Seefahrer, Binnenschiffer, Flößer und Händler, was ihn als Patron von Neumarkt geradezu prädestinierte. Doch auch Sankt Gallus behielt für die Bevölkerung eine ganz besondere Bedeutung, denn einer der beiden alten Jahrmärkte von Neumarkt fand jeweils am Sankt Gallen-Tag, dem 16. Oktober, statt.