Im Jahr 1555 wurde das im obersten Toggenburg gelegene Benediktinerkloster St. Johann der Abtei St.Gallen inkorporiert. Das gegen Mitte des 12. Jahrhunderts gegründete Kloster hatte schwer unter den Auswirkungen der Reformation gelitten. Die Gegend um St. Johann war mehrheitlich zur neuen Lehre übergetreten. Die Eingliederung ins Kloster St.Gallen sollte die Überlebensfähigkeit der Mönchsgemeinschaft sicherstellen. Als St.Galler Priorat und Statthalterei wurde St. Johann zu einem Zentrum der Verwaltung sowie der katholischen Gegenreform im Toggenburg.
Am 8. Februar 1626 wurde St. Johann von einer schweren Brandkatastrophe heimgesucht. Der St.Galler Konvent beschloss, Gebäude und Kirche etwa zehn Kilometer talabwärts neu aufzubauen. Abt Bernhard Müller (1594–1630) ließ dafür ein geeignetes Gelände in Sidwald bei Nesslau aufkaufen. 1629 war der Bau und ein Jahr später mehrheitlich auch die Innenausstattung des neuen Prioratsgebäudes vollendet, die Kirche allerdings erst 1680. An der Stelle des abgebrannten alten Priorats wurden eine Pfarrkirche und ein stattliches Pfarrhaus errichtet und der Pfarrort fortan Alt St. Johann genannt. Sidwald, der Standort des neuen Priorats, nahm allmählich den Ortsnamen Neu St. Johann an. Im Priorat Neu St. Johann residierten in der Regel 12 Benediktinermönche aus dem Kloster St.Gallen. Sie unterhielten unter anderem eine Klosterschule, die in der katholischen Schweiz einen guten Ruf genoss.
Die Kirche von Neu St. Johann gehört zu den bedeutendsten Bauwerken des 17. Jahrhunderts in der Schweiz. Sie wurde – auf die Tradition zurückgreifend – den Heiligen Johannes Baptist und Evangelist geweiht. Natürlich wurden in Neu St. Johann auch die St.Galler Hausheiligen hoch verehrt. Sankt Gallus zum Beispiel ist Nebenpatron am Hochaltar sowie am Chorfrontaltar der Prioratskirche. Zusätzlich ist dem heiligen Gallus im Priorat Neu St. Johann eine kleine Kapelle geweiht. Diese schließt westlich an den an die Kirche angebauten Bibliotheksgang an und verbindet ihn mit der ehemaligen Prälatenwohnung, jenen Räumlichkeiten also, in denen die St.Galler Äbte während ihren Besuchen in Neu St. Johann residierten. Der Altar der Galluskapelle wurde am 6. September 1670 von Fürstabt Gallus Alt geweiht, nachdem der Bibliotheksgang – ein interessantes architektonisches Unikum unter den Klosterbibliotheken – unter der Leitung des Misoxer Baumeisters Pietro Andreoto bereits 1630 vollendet worden war.