Meersburg gehörte seit dem frühen 13. Jahrhundert zum unmittelbaren Besitz der Bischöfe von Konstanz. Die um 1288 neu errichtete Marienkirche, deren Turm zur Stadtbefestigung gehörte, wurde 1334 während der (erfolglosen) Belagerung Meersburgs durch Kaiser Ludwig von Bayern schwer beschädigt. Ein Jahr später stellte Papst Benedikt XII. den Meersburgern eine Urkunde aus, die eine Aufzählung der in der Kirche vorhandenen Reliquien enthält, darunter solche der Heiligen Gallus und Otmar.
1353 wurde die Meersburger Kirche von der Mutterkirche Seefelden abgelöst und direkt dem Konstanzer Domkapitel unterstellt. Zum Jahr 1360 erfahren wir, dass in der Meersburger Kirche neben dem Hauptaltar Unserer Lieben Frau auch ein Katharinenaltar, ein Jakobsaltar sowie ein Gallusaltar standen. Nach dem umfassenden Umbau der Kirche um das Jahr 1430 begegnen uns wieder die gleichen Altäre, die jeweils über eine eigene Kaplaneipfründe verfügten. In den Investiturprotokollen der Diözese Konstanz wird zum 29. April 1558 ein Adolph Opser als Kaplan der Sankt Gallus-Kaplanei von Meersburg erwähnt.
Neben dem Sankt-Gallusaltar in der Pfarrkirche könnte in Meersburg auch noch eine kleine Galluskapelle gestanden haben. Auf dem Gemeindegebiet existiert bis heute der Flurname ›Gallenbrunnen‹. Die lokale Forschung zieht in Betracht, dass hier (vor dem Berg ze Sant gallen Brunen) einst eine Kapelle zu Ehren des heiligen Gallus gestanden haben könnte. Eindeutig nachweisen lässt sich diese Kapelle, die vielleicht anlässlich der Plünderung Meersburgs durch schwedische und württembergische Truppen im Dreißigjährigen Krieg zerstört wurde, jedoch nicht.
Im Jahr 1677 wurde das Langhaus der Meersburger Pfarrkirche neu gebaut und 1824 das alte Gotteshaus bis auf den Turm abgerissen. Der klassizistische Neubau wurde – nach heftigem Streit um die Finanzierung – 1833 beendet. Heute trägt die Stadtpfarrkirche von Meersburg den Titel Mariä Heimsuchung. Sankt Gallus ist unter den am rechten Seitenaltar dargestellten Heiligen immer noch vertreten.