In der Urkunde vom 27. März 793, welche eine bedeutende Schenkung des Grafen Bertold (Peratold) an das Kloster St.Gallen dokumentiert, wird auch der Ort Laufen (Laufo) erwähnt. Der althochdeutsche Ortsname lässt sich als ›Strudel‹ bzw. ›Fließgewässer unter einem Wasserfall‹ umschreiben und nimmt Bezug auf den eindrücklichen, sechs Meter hohen Wasserfall der Eyach, der sich nur etwa 250 Meter neben der evangelischen Kirche von Laufen befindet.
Am Ort der heutigen, 1873–1875 errichteten neugotischen Kirche stand schon im Mittelalter eine Kapelle. Sie wird 1451 erstmals schriftlich erwähnt und hatte den heiligen Gallus (1501 erwähnt) als Patron. Aus dem Galluspatrozinium und der Zugehörigkeit zur Grundherrschaft des Klosters St.Gallen hat man geschlossen, dass in Laufen schon im Frühmittelalter ein Gotteshaus gestanden haben dürfte. Die am Wasserlauf der Eyach gelegene Ortschaft sei wohl ursprünglich eine Mühlensiedlung gewesen und habe sich nach der Schenkung an das Kloster St.Gallen dann auch landwirtschaftlich entwickelt.
In der Organisation der frühmittelalterlichen St.Galler Grundherrschaft nahm das nahe gelegene Frommern eine sehr viel bedeutendere Rolle ein als Laufen. In Frommern errichtete das Kloster ein regionales ›Verwaltungszentrum‹ mit einem Fronhof und wahrscheinlich schon früh auch einer (Pfarr-) Kirche, die Sankt Gallus zum Patron erhielt. Das Galluspatrozinium der Frommerner Kirche können wir als Hoheitszeichen interpretieren, das sowohl die Herrschaft als auch die seelsorgerische Verantwortung des Klosters St.Gallen in der Region sinnfällig machen wollte.
Dass nun auch dem weniger ›bedeutenden‹ Laufen die Ehre einer Sankt Gallus-Kirche zuteilwurde, könnte der Ort seiner topographischen Beschaffenheit verdanken. Die Gegend am Wasserfall der Eyach könnte die St.Galler Mönche an die Gegend am Wasserfall der Steinach erinnert haben, an jenen denkwürdigen Ort, wo der heilige Gallus um das Jahr 612 seine Mönchszelle errichtet hatte, aus der später das Kloster St.Gallen entstand. Als Gründungslegende der Laufener Sankt Gallus-Kirche tönt dieser Erklärungsversuch zugegebenermaßen attraktiv. Wissenschaftlich erhärten lässt er sich freilich nicht.
Historisch fassbar wird die Sankt Gallus-Kapelle von Laufen erst im Spätmittelalter. Damals gehörte sie zur Pfarrei Burgfelden. 1516/22 wurde die Frühmesspfründe des Burgfeldener Katharinenaltars in die Sankt Gallus-Kapelle verlegt und Laufen wurde eine eigenständige Pfarrei. Doch schon bald nachdem die württembergische Obrigkeit 1534 beschlossen hatte, in ihrem Herrschaftsgebiet die Reformation einzuführen, verlor Laufen seine kirchliche Selbständigkeit wieder. Laufen wurde dem Pfarrsprengel Dürrwangen einverleibt und erhielt erst 1844, nach über dreihundert Jahren, wieder einen eigenen Pfarrverweser. Im Jahr 1897 wurde Laufen an der Eyach dann wieder eine selbständige evangelische Pfarrei.
Die mittelalterliche Sankt Gallus-Kapelle existierte auch nach der Reformation weiter. Um 1830 wurde sie umgebaut, um den Bedürfnissen der wachsenden Gemeinde noch entsprechen zu können. Dieser bauliche Eingriff wirkte sich allerdings fatal auf die Statik des alten Kirchleins aus. Nachdem eine Renovierung im Jahr 1860 keine wesentliche Verbesserung brachte, entschied man sich 1873 für einen Abriss. Bauinspektor Vinzenz de Pay lieferte die Pläne für eine neue evangelische Kirche im neugotischen Stil, die auch heute noch als Galluskirche bezeichnet wird.
Bis zum Zweiten Weltkrieg lebten nur wenige Katholiken in Laufen. Als nach dem Krieg die deutschsprachige Bevölkerung aus den Ländern Osteuropas vertrieben wurde, fanden zahlreiche Menschen aus Schlesien, Ost- und Westpreussen, der Tschechoslowakei und Jugoslawien in Laufen eine neue Heimat. Unter ihnen waren auch viele Katholiken, die während 18 Jahren alle zwei Wochen eine Heilige Messe in der ›Kindergartenbaracke‹ feierten. 1970 erhielten sie eine einfache, aber ›richtige‹ Filialkirche, die am 24. Mai 1970 zu Ehren des heiligen Gallus geweiht wurde.
Die katholische Filialkirche Sankt Gallus steht in einem Wohnquartier zwischen Scheibenbühl- und Gallusstraße und sticht im Siedlungsbild kaum hervor. Diese Unauffälligkeit gehört zum Konzept der so genannten »Typenkirchen«, von denen in der Diözese Rottenburg-Stuttgart seit den 1960er-Jahren rund hundert Stück entstanden. Die Laufener Sankt Gallus-Kirche wurde von Architekt Gerold Reutter entworfen, der noch 16 weitere Kirchen des gleichen Typs ausführte. Der schlichte Beton-Fertigteilbau hatte den Vorteil, dass er schnell, kostengünstig und unter Einbezug der Mithilfe der Bevölkerung errichtet werden konnte. So konnten sich die vertriebenen Katholiken der ehemaligen Ostgebiete in ihrer neuen Heimat am Aufbau ihrer Kirche beteiligen.