In Kappel im Hochschwarzwald wird 1275 erstmals eine Pfarrkirche erwähnt. Die Siedlungsgründung erfolgte wohl im 12. Jahrhundert. Der Ortsname – Kappel (1275: Capella) – weist auf die frühe Existenz eines Gotteshauses hin. Kirchenpatron von Kappel ist der heilige Gallus, was allgemein auf ein Wirken des Klosters St.Gallen zurückgeführt wird. Tatsächlich übte das Kloster schon im Frühmittalter größeren Einfluss im nahen Löffingen aus, und etwas später (um 1200) sind St.Galler Zehntrechte in Lenzkirch überliefert. Kappel selbst findet sich in den Urkunden des Stiftsarchivs St.Gallen nicht erwähnt; das Galluspatrozinium bildet den einzigen Hinweis auf ein mögliches Wirken des Gallusklosters im Ort.
Den 1275 bezeugten Status als eigenständige Pfarrei dürfte Kappel um 1200 erlangt haben. Ab 1430/50 wurde die Pfarrei von Mönchen des um 1360 von Heinrich von Blumenegg gegründeten Paulinerklosters Grünwald versehen. Zwei Jahre nach der Aufhebung dieses Klosters im Jahr 1803 wurde Kappel wieder eine eigenständige Pfarrei, wobei sie zuerst noch von einem ehemaligen Grünwalder Konventualen betreut wurde. Heute gehört die Pfarrgemeinde Kappel zur »Seelsorgeeinheit östlicher Hochschwarzwald«.
Über das mittelalterliche Kirchengebäude von Kappel wissen wir nur, dass es im Jahr 1681 »zu klein und ganz ruinös war«. Deshalb wurde mit dem Bau einer neuen, größeren Kirche begonnen. Die feierliche Konsekration durch den Konstanzer Weihbischof Konrad Ferdinand Geist von Wildegg (†1722) fand am 2. Mai 1695 statt; am gleichen Tag spendete er 600 Gläubigen die Firmung. Die Inneneinrichtung der Kirche zog sich noch einige Jahre hin. 1702 war der sechssäulige barocke Hochaltar vollendet. Er trug als Hauptbild eine Gallusdarstellung des Rottweiler Malers Johann Achert (um 1655–1730). Der barocke Altaraufbau ist bei späteren Umgestaltungen der Kirche verloren gegangen. Das Gemälde des heiligen Gallus lag fast hundert Jahre auf dem Dachboden der Kirche, wurde in den 1960er Jahren restauriert und ist heute an der südlichen Chorwand wieder aufgehängt.
1873 begann mit dem Beschluss zur Umgestaltung des Hochaltars die teilweise Entbarockisierung der Kappeler Galluskirche. Bei einer Renovierung im Jahr 1903 erhielt die Kirche eine kräftige Ausmalung, die 1963 aber wieder rückgängig gemacht wurde. Eine Umgestaltung des Kirchenraums im Jahr 2008 bemühte sich sodann, dem Gotteshaus seinen ländlich-barocken Charakter zurückzugeben und gleichzeitig den heutigen liturgischen Bedürfnissen zu genügen. Die Kirche erhielt wieder einen barocken Hochaltar (aus der Pfarrkirche Sankt Georgen/Freiburg), einen neuen, modernen Zelebrationsaltar, einen Ambo sowie ein Taufbecken.