In Hemberg im Toggenburg stand nie eine Sankt Gallus-Kirche. Patron der Pfarrkirche ist Johannes der Täufer, heute wird aber besonders die heilige Anna verehrt. Das Johannes-Patrozinium war vielleicht vom Kloster St. Johann im Thurtal eingesetzt worden, nachdem dieses 1383 Hof und Kirchensatz Hemberg vom Kloster St.Gallen übernommen hatte. Vielleicht ist es aber auch schon älter. Die Hemberger Kirche soll nämlich bereits 1214 erbaut worden sein.
Als das Kloster St. Johann im Jahr 1555 dem Kloster St.Gallen inkorporiert wurde, übernahm dieses auch wieder die kirchlichen Rechte in Hemberg. Allerdings bekannte sich seit 1531 der überwiegende Teil der Hemberger Bevölkerung zum evangelischen Glauben. Die Reformierten beanspruchten Kirche, Pfarrhaus und Pfrundvermögen für sich. 1570 setzte der St.Galler Fürstabt Otmar Kunz durch, dass auch die Katholiken jede zweite Woche wieder einen Gottesdienst in der Hemberger Kirche feiern durften. Und Fürstabt Bernhard Müller stiftete am 28. April 1618 eine neue katholische Pfarrpfründe zu Ehren der Heiligen Dreifaltigkeit, Maria (als besonderer Patronin), Gallus und Otmar, wobei diese Heiligen nicht als eigentliche Kirchenpatrone von Hemberg angesehen werden dürfen. Für die Katholiken war nach wie vor Johannes der Täufer Patron der paritätischen Kirche von Hemberg.
1779 bezogen die reformierten Hemberger ein neues Gotteshaus und überließen die alte Kirche ein Jahr später den Katholiken. Diese begannen 1781 ebenfalls mit dem Bau einer neuen Kirche, die neben Johannes dem Täufer auch Sankt Andreas als Patron erhielt. Heute gilt in der Bevölkerung allerdings Sankt Anna als Kirchenpatronin. Anna, die Mutter der Jungfrau Maria, wird in Hemberg schon seit dem Mittelalter verehrt. Dicht bei der ehemaligen Pfarrkirche stand eine Annakapelle, die 1781 abgebrochen und im Erdgeschoss des Turms in die neu errichtete Kirche integriert wurde.