Die evangelisch-lutherische Sankt Gallus-Kirche von Altenesch steht über jenem Ort, an dem die Opfer der Schlacht von Altenesch bestattet wurden. Diese Schlacht vom 27. Mai 1234 war das entscheidende Gefecht im »Kreuzzug« des Bremer Erzbischofs Gerhard II. und seiner Verbündeten gegen die Stedinger Bauern. Diese hatten ihrer Obrigkeit schon seit längerem den Gehorsam verweigert und sich damit – nach damaliger Auffassung – ketzerisch gegen die gottgewollte Ständeordnung aufgelehnt. Die Stedinger erlitten bei Altenesch eine vernichtende Niederlage gegen das überlegene Kreuzfahrerheer.
Die geschlagenen Stedinger wurden im ausgehenden 13. Jahrhundert wieder in die Gemeinschaft der Christenheit aufgenommen und ihre Kirchen und Friedhöfe neu geweiht. Auf dem Schlachtfeld von Altenesch, wo bereits im 12. Jahrhundert eine Kapelle gestanden hatte, entstand ein neues Gotteshaus, das der Abt des Benediktinerklosters Corvey am 12. September 1299 dem heiligen Gallus weihte. Bei Renovierungsarbeiten 1998 wurde etwa zwei Meter unter dem heutigen Fußbodenniveau das Feldsteinfundament des Vorgängerbaus festgestellt.
Der älteste Teil des heutigen Gotteshauses ist das Schiff, das noch aus vorreformatorischer Zeit stammt. 1566 fand in der Sankt Gallus-Kirche von Altenesch der erste evangelische Gottesdienst statt. Die Reformation war in der Region von Graf Anton I. von Oldenburg und Delmenhorst (1503–1573) vor allem aus finanziellem und machtpolitischem Eigeninteresse gefördert worden. Er zog viele Kirchengüter ein, was zum Untergang von etlichen Gotteshäusern in der Region führte. Sankt Gallus blieb bestehen, und die nach Antons I. Tod erlassene Kirchenordnung brachte endlich eine Konsolidierung der kirchlichen Verhältnisse unter lutherischem Bekenntnis. 1582 wies Graf Antons Erbe die in Lemwerder eingezogenen Kirchengüter der Pfarrei Altenesch zu und beauftragte den dortigen Pastor, künftig auch in Lemwerder zu predigen. Altenesch und Lemwerder wurden zu einem Kirchspiel zusammengefasst.
Seit dem 17. Jahrhundert wurden in regelmäßigen Abständen bauliche Veränderungen an der Galluskirche vorgenommen, insbesondere im Innern. 1619 schuf der Bildhauer Ludwig Münstermann (um 1570–1637) eine neue Kanzel, und 1660 wurde ein neuer Altar aufgerichtet. Hundert Jahre später entstand über dem Altar im Chor eine neue Orgelempore, auf der 1794/95 ein Instrument des Stader Orgelbauers Georg Wilhelm Wilhelmy (1748–1806) platziert wurde.
Ab 1998 erhielt die Sankt Gallus-Kirche von Altenesch eine Außen-, 2004 eine Innenrenovierung. 2006 wurde die historische Münstermann-Kanzel restauriert und der fehlende Schalldeckel ergänzt, 2008 fand die aufwändige Restaurierung der Wilhelmy-Orgel einen glücklichen Abschluss. 2009 erfolgte sodann eine Sanierung des Kirchturms.